對巴氏殺菌設備及其管路一般建議采用以下的清洗程序

①用水預沖洗5～8min。

②用75～78℃熱堿性洗滌劑（若濃度為1.2％～1.5％氫氧化鈉溶液）循環(huán)15～20min。

③用水沖洗5min。

④用65～70℃酸性洗滌劑（若濃度為0.8％～1.0％的硝酸溶液或2.0％的磷酸溶液）循環(huán)15～20min。

⑤用水沖洗5 min。